Metagenomica: identificatie van (micro)-organismen en virussen

Om te bepalen welke bacteriesoorten in ontlasting of in een bodemmonster voorkomen, maakten analisten in de vorige eeuw gebruik van microscopie en het kweken op voedingsbodems en opsporen van antigenen op bacteriën. Tegenwoordig is hiervoor de ‘metagenomica’ beschikbaar. Analisten bepalen met deze techniek in één test al het genetisch materiaal in een genomen monster, letter voor letter. Uit dit metagenoom is het individuele genoom van bijvoorbeeld een patiënt en de verschillende bacteriën en virussen op en in zijn lichaam te bepalen. Zo kunnen de analisten bepalen welke soort bacterie of virus een patiënt ziek maakt. Met deze kennis is het mogelijk patiënten gerichter met medicatie te behandelen.

Opdrachten

Bekijk de video ‘Metagenomics-analyse‘.
1  Wat is een metagenoom?

2  Wat hebben Rob Finn en zijn team in het microbioom van patiënten ontdekt?

3  Hoe hebben wetenschappers ontdekt dat bepaalde micro-organismen plastic kunnen afbreken?

4  Leg uit hoe Rob Finn de techniek metagenomica wil toepassen bij patiënten met de ziekte van Crohn.

Lees ‘Via metagenoom ziekteverwekkende virussen detecteren van onbegrepen infecties ’.
5  Wat is het sequencen van een metagenoom?

6  Licht toe hoe de onderzoekers van het LUMC willen onderzoeken of een patiënt een virusinfectie heeft.

Lees ‘Brazilië, Embrapa ontdekt biotechnologische schat in de Amazone’.
7  Wetenschappers in Brazilië zijn bezig met een inventarisatie van micro-organismen. Wat is volgens Silva vooral het belang bij het onderzoek van micro-organismen?

8  Noteer het landbouwkundig belang van de 60 geselecteerde schimmels en bacteriën.

Bronnen
In beeld: Metagenomics-analyse
Ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit: Brazilië, Embrapa ontdekt biotechnologische schat in de Amazone
LUMC: Via metagenoom ziekteverwekkende virussen detecteren van onbegrepen infecties

Meer weten?
HS Leiden H4 (blz 20-28): Arjen Speksnijder Oog voor metagenomics.pdf

 

Wil je meer weten over onze biologie methode Nectar?

Naar website

Meer informatie over dit onderwerp kun je vinden in Nectar (editie 4 en 4.1) 6 vwo H17: DNA.